一、蛋白质质谱分析软件

Mascot

- 由Matrix Science开发，支持多种质谱技术数据匹配和蛋白质数据库检索，适用于复杂样本的蛋白质鉴定。

QUEST （Quantitative Expert）

- 由Thermo Fisher Scientific提供，常与仪器配套使用，支持定量分析和蛋白质鉴定模块，适用于LC-MS/MS数据。

MaxQuant

- 除定量分析外，内置Andromeda搜索引擎，可高效匹配质谱数据与蛋白质数据库，适合高通量数据分析。

Proteome Discoverer

- Thermo Fisher Scientific开发，集成数据采集、分析和报告功能，简化蛋白质质谱实验流程。

Skyline

- 开源软件，专为靶向质谱（如MRM/SRM）和全扫描（DIA/SWATH）设计，支持多组学数据整合分析。

二、通用质谱数据处理软件

MassHunter

- 安捷伦公司出品，支持GC/MS/LC/MS数据的定量分析，提供样品分组管理和异常结果筛选功能。

Thermo Fisher Scientific平台

- 包含Proteome Discoverer、Quantitative Expert等模块，支持多系统数据集成与分析。

三、数据分析与可视化工具

Origin

- 通用数据分析软件，可导入质谱原始数据（如色谱峰），支持图形化展示和统计分析。

Python/R

- 通过库如`matplotlib`、`seaborn`或`scipy`进行数据可视化，常用于处理原始质谱数据。

四、其他专业领域软件

Igor Pro：

支持原始数据导入与基本分析，适合定制化仪器数据解读。

MATLAB：用于复杂算法处理（如IntelliXtract算法），常用于色谱组分提取与结构鉴定。

注意事项

数据预处理：质谱数据通常需通过专用软件进行基线校正、峰识别等预处理，再导入分析工具。

仪器兼容性：部分软件（如MassHunter、Mascot）与特定仪器（如Thermo Fisher仪器）深度集成，需确认兼容性。

以上工具可根据具体研究需求组合使用，例如先用Mascot或Skyline进行初步鉴定，再通过MassHunter或Proteome Discoverer进行定量分析。