蛋白分子构象软件包括以下几种：

Sybyl

功能：药物小分子与生物大分子科学领域的分子模拟，包括建模、构象分析、三维定量构效关系研究、药效团建模、虚拟筛选、同源模建、活性位点分析和数据库搜索等。

Modeller

功能：著名的蛋白质三维结构同源模建和比较建模软件，功能强大但参数调整较复杂，适合有经验的专业人士。

Swiss-MODEL

功能：基于ExPASy web的同源模建服务器，提供Automatic mode、Alignment mode和Project mode三种操作模式，为全球生命科学研究人员提供蛋白质建模服务。

Discovery Studio

功能：包括蛋白质表征、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构的药物设计工具、基于小分子的药物设计工具、组合库的设计与分析等。

Excel

功能：通过数据处理、统计分析和机器学习方法，帮助研究人员从海量构象中筛选出重要构象并进行分类，实际应用场景包括药物设计过程中识别关键构象态、评估配体结合位点的动态变化等。

Raswin

功能：RASMOL的Windows版本，用于蛋白三维结构的显示和浏览。

PyMOL

功能：广泛使用的分子可视化系统，支持多种格式的分子数据输入和输出，具有强大的脚本功能，适用于展示蛋白质的三维结构、模拟蛋白质折叠、配体结合和分子动力学模拟等。

Chimera

功能：分子可视化工具，提供分子建模、分子动力学模拟、电子密度图分析和分子对接等功能，用户界面友好，功能模块化设计。

VMD

功能：专门用于分子动力学模拟的可视化工具，处理大规模分子动力学轨迹的能力强，能动态展示蛋白质在模拟过程中的运动情况。

Autodock

功能：开源的分子模拟软件，主要应用于执行配体—蛋白分子对接。

这些软件在蛋白质构象研究中各有优势，用户可以根据具体需求选择合适的工具进行蛋白分子构象的分析和模拟。