关于建立分子生物学数据库的软件，根据应用场景和需求的不同，主要分为以下几类：

一、专业核酸数据库系统

EMBL数据库（欧洲分子生物学实验室）

世界两大核酸数据库之一，由EBI维护，提供基因组、蛋白质等生物序列数据查询服务。

NCBI数据库（美国国家生物技术情报中心）

包含GenBank（基因序列数据库）、dbSNP（单核苷酸多态性数据库）等，是亚洲主要核酸序列数据库。

GenBank数据库（日本分子生物学研究所）

亚洲重要核酸序列资源库，与EMBL、NCBI等机构有数据共享机制。

二、通用数据库管理系统（DBMS）

关系型数据库

- MySQL：

开源、高性能，适用于Web应用开发；

- Oracle Database：商业级系统，提供高可靠性和扩展性；

- Microsoft SQL Server：与微软生态集成良好；

- PostgreSQL：开源，支持事务处理和数据完整性。

非关系型数据库

- MongoDB：

文档模型存储，适合大规模分布式系统。

三、分子生物学专用工具

BioSQL

基于MySQL的关系型数据库管理系统，专为分子生物学数据设计，支持序列比对、基因注释等功能。

BLAST（基本局部比对搜索工具包）

用于序列相似性搜索，常与数据库结合使用。

BioPython

提供丰富的分子生物学库，如BioSQL接口，便于开发自定义数据库应用。

四、其他相关软件

R语言：

生物信息学分析常用工具，支持数据库连接与数据处理；

Perl：脚本语言，常用于自动化数据库管理和数据清洗。

总结

选择数据库软件需结合数据规模、性能需求及预算。例如，中小型项目可选MySQL或PostgreSQL；大规模生产环境推荐Oracle或SQL Server；专业核酸数据存储则优先考虑EMBL、NCBI等专用系统。同时，结合BioSQL等工具可提升数据管理效率。