蛋白测算软件种类繁多，涵盖了从蛋白质序列分析到三维结构预测的多个方面。以下是一些常用的蛋白测算软件：

在线工具

ExPASy的ProtParam tool：计算分子量、理论等电点、氨基酸组成、消光系数、原子组成、估计半衰期、稳定指数等。

SignalP：预测氨基酸序列中是否存在信号肽剪切位点，适用于原核生物和真核生物。

TMHMM：预测蛋白质的跨膜域，标记具体位置。

ProtScale：分析蛋白质的疏水性。

三维结构预测软件

RoseTTAFold：基于深度学习预测蛋白质的三维结构。

AlphaFold2：由DeepMind开发的先进蛋白质结构预测工具。

I-TASSER：使用多序列比对和同源建模来预测蛋白质结构。

蛋白质谱分析软件

MaxQuant：针对质谱测序数据的标量及非标量蛋白数据库搜索及分析。

蛋白序列分析软件包

AnthePro：蛋白序列分析软件包。

PSAAM：蛋白质序列分析软件包。

MPEx：研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。

Osprey：蛋白质相互作用网络可视化系统。

InterViewer：显示和分析蛋白交互作用软件。

Fiter：蛋白序列分析工具。

蛋白鉴定软件

Mascot：经典的蛋白鉴定软件，支持多种检索算法。

多肽参数计算器

多肽参数计算器：计算多肽的分子式、平均分子量、精确分子量、氨基酸个数、等电点、净电荷数、平均亲水性、疏水性等。

蛋白/多肽分子量计算器：输入分子量即可得到平均分子量和精确分子量。

蛋白组学分析软件

StartFragmentProtParam：适用于蛋白质序列的物理-化学参数分析。

MultiIdent：通过等电点、分子量、氨基酸组成、序列标签、肽指纹数据等识别蛋白。

AACompSim：将登录在Swiss-Prot数据库的蛋白质氨基酸组成与其它登录蛋白质进行对比分析。

AACompIdent：通过氨基酸组成识别蛋白质。

3D Protein Display and Sequence Analysis for the PC （UIUC）：蛋白质三维构象展示。

3D-PSSM：基于网络的蛋白质折叠识别方法。

这些软件提供了从蛋白质序列分析到结构预测的全方位功能，可以满足不同用户在蛋白测算方面的需求。根据具体需求选择合适的软件，可以大大提高蛋白研究的效率和准确性。