晨曦软件的结算方式如下：

按实结算 ：双方使用晨曦软件，依据最新现行定额计价规范和施工期（或材料定购期）的信息价（信息价不明确的以甲方确认材料价为准）进行计算，计算后的总价下浮一定百分比作为本合同的结算价款。

支付进度

甲方在支付一定金额后，乙方开始施工。

乙方施工完成后，需提交竣工验收报告及工程决算书。

甲方审核确认后，付至结算价款的95%，留5%作为质保金。

质保金在保修期满后15个工作日内付清。

建议：

在使用晨曦软件进行结算时，确保所有数据录入准确，严格按照最新定额计价规范和施工期信息价进行计算，以保证结算结果的公正性和准确性。

甲乙双方应明确沟通，确保验收报告及工程决算书的及时提交和审核，以便按时支付结算款项和质保金。