基因工程研究涉及多个环节，不同阶段需要专用软件支持。以下是主要软件分类及常用工具的整理：

一、基因序列分析工具

Primer Premier

- 引物设计核心工具，支持多种设计模式和算法，适用于基因克隆、基因组分析等场景。

VectorNexus

- 综合性序列分析平台，提供序列比对、基因预测、变异分析等功能，适合大规模数据解读。

二、基因组/基因组片段分析工具

SimVector

- 用于质粒、基因组序列的可视化，支持作图、限制酶分析及引物设计，操作界面友好。

GeProAnalyzer

- 专门用于凝胶图像分析，可进行条带识别、定量分析及基因克隆验证。

三、基因工程操作模拟工具

Cloning20oGCK

- 提供虚拟实验室环境，模拟基因克隆流程，帮助优化实验方案。

四、其他辅助工具

Totallab：

用于蛋白质结构预测与分析，辅助理解基因功能。

Serene：集成多种分子生物学功能，包括序列分析、数据管理及报告生成。

五、注意事项

软件选择建议：根据具体研究需求（如克隆、测序分析等）选择针对性工具，例如设计引物优先用Primer Premier，分析凝胶图像用GeProAnalyzer。

版本与兼容性：部分软件（如Primer Premier）存在多个版本，需确认与操作系统（如Windows）的兼容性。

以上工具覆盖了基因工程主要研究环节，实际应用中常结合使用以提高效率。