软件研究所主要包括以下几家：

1.  中国科学院软件研究所：成立于1985年，位于北京市海淀区中关村南四街4号中国科学院软件园内。该所致力于计算机科学理论和软件高新技术的研究与发展，拥有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等四个研究部以及总体部。

2.  软件工程研究所（北航软件所）：成立于1988年，是我国最早从事软件工程研究与实践的单位之一。主要研究方向包括安全可靠软件系统的研发方法和工具、基于模型的软件工程方法、软件质量工程与测试评估技术、群智与智能化软件工程以及软件工程方法与实践的实证研究。

这些研究所在软件领域具有很高的学术声誉和影响力，涵盖了从基础理论到应用开发的广泛研究内容。