企业软件退税的办理流程如下：

准备相关证明材料

企业需要准备软件产品的销售合同、发票等证明材料。

获取软件产业主管部门颁发的《软件产品登记证书》或著作权行政管理部门颁发的《计算机软件著作权登记证书》。

准备省级软件产业主管部门认可的软件检测机构出具的《软件产品检测报告》。

在线提交申请

登录电子口岸网站，提交软件出口退税申请。

在电子税务局提交项目备案申请，并填写相关内容。

审核与计算

税收机关工作人员对提交的申请表格进行审核，确定符合减免标准。

根据完整减免资料及有关政策文件，计算相关退税金额。

准备结算凭证

在税收机关的确认下，准备结算凭证，以证明企业实际购买的软件符合减免资格。

开具减免税票据

税收机关开具减免税票据，依法减免企业应当纳税的税款。

提交退税申请

企业于次月申报期内申报增值税后，向税政科预约递交退税资料。

准备《退税申请报告》、税政审批过的《退抵税申请审批表》等相关资料。

审核与退税款

税政科审核通过后，企业准备资料到办税大厅办理退税申请。

审核无误后，税款将退至企业指定账户。

后续管理

企业需确保所有材料的真实性与完整性，并按照主管税务机关要求在规定时间内提交申报材料。

税务机关在收到申报材料后，会展开严格审核，审核通过后将应退税款退还给企业。

建议企业在办理软件退税时，确保所有材料的准确性和完整性，并密切关注税务机关的通知和审核进度，以便及时解决可能出现的问题。