在MS软件中调整晶胞的步骤如下:
确定晶胞
确定晶胞的晶格常数和晶胞参数。这可以通过晶体学测量、计算程序或文献中提供的信息来得到。
单位换算
由于MS使用的是立方晶格,因此需要将晶体转化为立方晶体。这可以通过将晶胞中的坐标和晶格常数进行适当的单位换算来实现。
选取新晶格常数
将晶体转化为立方晶体后,需要选取一个新的晶格常数。
生成新晶格
选取新晶格常数后,可以生成一个新的立方晶格,并将原始晶体中的所有坐标转换为新晶格中的坐标。
调整坐标
由于晶胞不是正方形,因此新晶格中的坐标可能会落在原始晶胞之外。为了保证新晶格的完整性,需要将这些坐标调整到新晶格内。
此外,还可以通过以下方法在MS中调整晶胞:
手动构建晶胞
在MS中新建一个xsd文件,打开该xsd文件,在MS软件界面上选择`Build` -> `Crystals` -> `Build Crystal`,依次输入空间群和6个晶格常数,这样晶格骨架就建好了。然后,在MS软件界面上选择`Build` -> `Add Atoms`,把所有原子的坐标依次输入,就完成了整个晶胞的构建。
直接导入结构文件
这是一个简便方法,前提是获得该晶胞的结构文件,比如常见的cif文件,直接导入到MS即可。把该cif文件直接拖拽进MS界面,或者在MS界面中选择`File` -> `Import`,再浏览到存放该cif文件的目录。
改变晶胞显示风格
在`Lattice`栏中,选择`None`,关闭对话框,将去除晶胞边界线。还可以通过旋转晶胞来观测氢键网络。
手动指定原子力场类型
在`Edit` -> `Atom Selection`中选好原子,然后编辑`Edit Sets`,定义一个集。在`View` -> `Explorers` -> `Properties Explorer`中,选择`Filter`选原子,并修改`Forcefield Type`。
扩胞
在`Build` -> `Symmetry` -> `Supercell`中,进行扩胞操作。
通过以上步骤和方法,可以在MS软件中调整晶胞,以便进行进一步的分子模拟计算和实验分析。