软件企业的收费方式多种多样，主要根据项目的规模、复杂度、开发周期、功能需求等因素来决定。以下是一些常见的收费方式：

项目制收费：

在项目开始前，开发公司与客户就项目的具体需求、功能、设计、开发周期等达成一致，并预估出整个项目的费用。这种方式的优点是费用透明、风险可控、便于管理，但缺乏灵活性，需求变更成本高。

按小时收费：

客户根据实际花费的时间支付费用，这种方式灵活、适应变化，但费用不确定、成本难以控制。

按功能模块收费：

企业根据所需功能模块进行付费，适用于业务复杂、需要多种不同功能模块的企业。每个模块单独计费，这种方式的优点是灵活，企业可以根据实际需求选择模块，预算有限的情况下较为适用。

固定费用收费：

开发公司提供一笔固定费用，客户一次性支付以获得软件的永久使用权。这种方式适合需求相对稳定、资金充裕的企业。

维护和升级费用：

软件交付后，开发公司提供后续的维护和升级服务，费用根据具体维护内容和升级次数而定。

按用户数量收费：

企业根据员工人数支付费用，每增加一个新用户，费用会相应增长。这种方式适用于用户数量较多、需求稳定的企业。

订阅制：

企业按月或按年支付费用，可以根据需求灵活调整使用周期，适合需要短期使用或资金流动性较差的企业。

一次性买断收费：

企业支付一笔固定费用以获得软件的永久使用权，适合资金充裕且需求相对稳定的企业。

定制化服务收费：

根据企业的特定需求提供定制服务，费用根据定制内容而定。

按使用时长收费（订阅制）：

类似于云服务，企业按使用时长支付费用，可以灵活调整使用量。

在选择收费方式时，软件企业需要根据客户的需求、预算、项目复杂度等因素进行综合考虑，以确保选择最适合的收费模式，实现双赢。同时，企业也应在合同中明确各项费用明细，避免后期产生纠纷。