是的，在《棒球英豪》的结局中，达也和小南最终在一起了。

在漫画的结局中，达也正在进行比赛，他为了让浅仓南能看到比赛，但在抽签的时候，达也的队伍居然抽到了去年的冠军强队，这时候达也开始畏惧，认为自己已经无法进入甲子园了。小南急忙赶到现场，发现达也不在，这时候小南对他表白，自己是真心爱着他的，最后达也选择了小南在一起，并没有继续棒球的事业。

此外，也有其他信息表明他们在最后在一起了。例如，有信息称达也在最后拿了甲子园冠军后用电话向小南告白，说达也离不开小南，达也喜欢小南，然后小南就笑了，然后就往达也那边跑去。还有信息称在电视动画《棒球英豪》的结局中，达也率领队伍打进甲子园，并在甲子园时再也抑制不住思念小南的感情，希望小南也能在场，于是达也打电话向小南表白，最后小南到美国看达也，在美国的棒球场里，两人站到一起，美满的结局。

综合以上信息，可以确定在《棒球英豪》的结局中，达也和小南最终在一起了。