一、序列分析工具

JambW

- 专注于分子生物学分析的软件包，支持DNA序列比对、基因多态性分析等功能。

ChromasPro

- 可打开ABI格式序列文件，适用于基因组组装和序列分析。

DNAman

- 由Lynnon Biosoft开发，集成序列比对、引物设计、蛋白质分析等全套功能。

SNPstat

- 专门用于基因组SNP（单核苷酸多态性）分析的软件，支持快速统计和可视化。

二、基因组组装与编辑工具

DNA Sequence Assembler （DSS）

- 自动化处理低质量序列、修剪载体/引物、纠正歧义，并保存contig到磁盘。

Lasergene （DNASTAR）

- 提供序列编辑、质粒图谱绘制、引物设计、酶切分析等综合功能，适用于基因工程和基因组学研究。

Primer Premier

- 强大的引物设计工具，支持二级结构筛选、发夹结构预测等高级功能。

三、芯片分析与数据挖掘工具

ArrayVision

- 商业DNA芯片分析软件，支持图像处理、数据分析和协议管理，但价格较高。

ScanAlyze

- 用于微矩阵荧光图像分析，输出可转化为数据库格式，便于后续处理。

GeneSpring

- 经典基因芯片分析工具，提供蛋白质结构预测、抗原决定区分析等功能。

四、可视化与报告工具

SnapGene

- 直观注释DNA图谱，支持快速生成共享的注释文件，简化实验流程。

MapDraw

- 可绘制酵切图谱、克隆设计图，辅助基因工程实验结果分析。

五、其他实用工具

PrimerSelect：

智能设计引物，筛选二级结构异常序列。

Protean：预测蛋白质结构及功能区，辅助药物设计。

总结

选择DNA分析软件时需结合具体需求，如测序数据量、功能复杂度等。对于基础分析，JambW、ChromasPro等工具已足够；而对于高通量数据或复杂功能需求，建议选择Lasergene、SNPstat等专业软件。