软件版权协议通常包含以下要素：

明确著作权归属

开发者拥有：开发者以个人或公司名义开发且未签署特殊协议时，著作权归开发者所有。

委托方拥有：通过合同约定，开发完成后著作权归委托方所有，需明确版权转让条款和条件。

共同拥有：合作开发情况下，开发者和委托方共同拥有著作权，需详细规定各自权利和义务。

签署版权协议

权利归属：明确规定软件著作权归属，是否进行版权转让或授权使用。

开发内容：详细描述软件内容、功能及技术要求，确保双方对开发任务有共同理解。

开发费用及支付方式：明确开发费用及支付时间，防止费用纠纷。

交付标准及时间：规定软件交付的标准和时间，确保项目按时完成。

保密条款：保护开发过程中的商业秘密和技术信息，防止信息泄露。

违约责任：明确规定违约责任及赔偿措施，保障双方合法权益。

保护知识产权

在软件开发过程中，保护知识产权至关重要，包括软件源代码、目标代码、程序的组织、顺序、结构等。

软件著作权登记

申请人信息：包括姓名或名称、类别、证件类型和号码、国籍、所属省份城市和园区等。

权利说明：选择权利取得方式（原始取得、转让、继承或承受）并说明权利范围。

软件鉴别材料：提供源程序、文档或样品的连续页数，并进行例外交存。

软件功能和技术特点：简短明确阐述软件的创作目的、主要功能、用途和技术特点。

申请人签章：申请人需认真阅读并承诺所保证条文，个人签名或加盖人名章，单位需加盖公章。

其他注意事项

版权登记证书：虽然非强制性政策，但办理登记可证明软件权利，有助于投资和交易，同时也是企业申请高新技术企业和软件企业认证的必要材料。

这些要素共同构成了软件版权协议的主要内容，确保软件开发的合法权益得到保护，并为后续的法律保护和商业运作提供基础。建议在签署版权协议前，咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。