定制应用软件存在以下风险：

影响系统稳定性

预装软件可能未经充分测试，影响系统稳定性，甚至导致死机。

用户难以删除

这些软件通常直接写入系统底层，用户难以卸载，并且可能存在非法连接网络、消耗流量的问题。

缺乏可维护性

定制App的开发过程复杂，导致其缺乏可维护性，可能带来后续的技术支持问题。

安全性和稳定性问题

由于开发过程复杂且缺乏监管，定制App可能存在安全性和稳定性隐患，容易被黑客利用来窃取用户隐私或植入恶意软件。

高昂的开发成本

定制App的开发成本通常较高，需要更多的时间和精力，增加了企业的经济负担。

技术复杂性

需要专业技术人员熟悉各种编程语言，技术不熟练的团队可能导致App运行不稳定或出现安全问题。

延迟上线

开发周期长且需要处理众多细节，可能导致App上线推迟，影响企业运营。

支持问题

定制App的后期维护和支持需要企业投入额外的时间和资源，以确保App的稳定运行和满足用户需求。

沟通不畅

如果开发过程中缺乏与企业的充分沟通，可能导致开发出的App不符合企业需求。

缺乏行业经验

一些定制开发公司可能没有丰富的行业经验，无法提供有价值的建议，甚至可能将企业作为试验品。

法律风险

水货手机预装软件可能涉及侵犯消费者知情权和财产权的问题，且受害后难以讨回损失。

综上所述，企业在选择定制应用软件时，应充分评估和规避这些风险，确保项目的顺利进行和成功实施。