在公司破产的情况下，软件的处理需要遵循一定的流程和法律规定，以确保各方的合法权益。以下是一些常见的处理方式：

清算资产：

软件作为公司的资产之一，会被纳入清算范围。专业的清算机构会对软件进行评估，确定其价值。

知识产权考量：

软件通常涉及知识产权，如著作权等。如果软件具有较高的商业价值和知识产权保护意义，可能会由专业的知识产权机构进行处理，例如通过拍卖等方式将软件的著作权等权益转让给其他有意向的主体。

员工权益保障：

如果软件是公司的业务相关软件，与员工的工作密切相关，在破产处理过程中，会保障员工对相关软件的合法使用权益，确保员工在离职等情况下能够妥善处理与软件相关的工作资料等。

合规处理：

整个软件的处理过程需要符合相关的法律法规和破产程序的要求。例如，要向相关部门进行申报和备案，确保处理过程的合法性和公正性。同时，要妥善处理与软件相关的合同、协议等法律文件，避免引发后续的法律纠纷。

第三方软件：

如果是公司使用的第三方软件，根据与软件供应商的协议，可能会停止租用或使用，并且按照协议处理剩余的费用、数据等相关事宜。如果软件有长期的使用许可协议，在破产程序中，可能需要协商变更协议主体（如由收购公司接手使用等情况）或者按照协议终止使用并处理相关数据迁移等事务。

内部开发未完成的软件项目：

一般会评估项目的完成成本和潜在价值。如果项目完成后的价值高于成本且有接手方，可能会继续开发后再进行处置；如果项目没有价值或者没有接手方，会停止开发，相关开发资源会作为公司剩余资产的一部分进行清算。

客户或合作伙伴的软件：

如果软件是基于服务合同提供给客户的，公司破产可能构成违约。清算组需要根据合同情况进行处理，可能要退还客户未使用服务的费用，或者与客户协商将软件服务转交给其他有能力的服务提供商。

数据安全和隐私保护：

在处理软件之前，公司需要确保已经妥善处理了软件中的相关数据，以避免数据泄露等问题。特别是涉及到知识产权问题的软件，在公司破产过程中也需要进行妥善处理。

综上所述，公司破产时软件的处理需要综合考虑软件的资产价值、知识产权保护、员工权益、合规性以及数据安全等多个方面，以确保处理过程的合法性和公正性，并最大限度地保护各方的合法权益。