保护软件著作权的综合策略需要结合法律手段和技术措施，具体可分为以下几方面：

一、法律手段保护

软件著作权登记

通过中国版权保护中心等机构进行登记，为软件提供法律保护，明确版权归属及维权依据。需提交源代码、文档等材料，登记后可获得《软件著作权登记证书》。

保密措施

- 限制源代码和关键设计信息的访问权限，采用加密技术（如代码混淆、加壳）防止未经授权复制。

- 与员工签订保密协议，明确责任与义务，建立知识产权管理体系。

使用许可协议

在软件使用条款中明确授权范围、限制条件及收益分配，防止二次分发或反向工程。

法律维权

定期监测侵权行为，通过发送警告函、诉讼等方式维护权益。我国《著作权法》提供侵权赔偿等救济措施。

二、技术保护措施

应用加壳技术

使用压缩壳、加密壳等技术保护软件核心资源，防止反编译和逆向工程。

数字签名与加密

对软件进行数字签名确保完整性，采用加密技术保护传输过程及存储安全。

三、其他注意事项

专利保护：

若软件包含可专利的算法或创新设计，需及时申请专利，但需注意专利与著作权的衔接问题。

商业秘密保护：对未公开的核心技术（如源代码）可单独申请商业秘密保护，与著作权形成互补。

合理授权：通过授权协议将部分权益转让给第三方，扩大市场应用范围。

通过以上法律与技术手段的结合，可有效降低软件被侵权的风险，保障开发者的合法权益。