在面临软件著作权侵权指控时，被告可以采取以下抗辩策略：

合理使用：

如果被告能够证明其使用软件的行为符合合理使用的范畴，例如为个人学习、研究或欣赏而使用，且未影响著作权人的合法权益，则可能免除侵权责任。

权利人同意：

若被告能够提供证据证明已获得著作权人的明确同意，例如通过签订许可使用合同，则其使用行为不构成侵权。

著作权无效：

被告可以主张原告的软件著作权无效，例如作品已过保护期或属于依法禁止出版、传播的作品。

时效完成：

被告可以主张自权利人提起诉讼之日起向前推算两年的经济损失，超过两年的部分不予保护。

法定许可和强制许可：

如果被告的使用行为符合著作权法规定的法定许可或强制许可制度，则可能免除侵权责任。

合理来源抗辩：

被告若能证明其作品来源于合法渠道，例如通过合法购买或获得授权，则可以免除侵权责任。

代码使用比例与功能实现：

在具体案件中，法院会关注被告使用的原告核心代码比例及其功能实现情况，若使用比例较高（如超过30%），则可能被认定为侵权。

未达到侵权程度：

被告可以主张其使用行为未达到著作权法规定的抄袭程度，并注明引处。

非保护对象：

若被告能够证明其使用的内容不属于著作权法保护的对象，例如公有领域作品，则不构成侵权。

停止侵权行为：

被告应立即停止所有侵权行为，并尽可能与软件著作权人进行沟通协商，寻求解决方案。

积极应诉与举证：

被告应积极应诉，收集整理有利证据，还原案件事实，并通过法律途径维护自身权益。

不侵权保证条款：

在软件许可协议等交易中，通常会存在不侵权保证条款，若软件被指控侵权，乙方应提供抗辩协助和损失补偿。

通过以上抗辩策略，被告可以在诉讼过程中维护自身的合法权益。建议被告在面临侵权指控时，及时寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效保护。