以软件入股时，保护产权是非常重要的。以下是一些关键步骤和策略：

明确作品归属

在软件开发的初期，就明确软件的著作权归属。这可以通过签订书面协议来实现，确保所有开发者都清楚自己的权利和义务。

对软件进行著作权登记，获得软件著作权登记证书。这不仅有助于防止盗版和抄袭，还可以在侵权发生时提供有力的法律证据。

签订股东协议

在股东协议中明确规定软件著作权入股的具体条款，包括股权比例、使用权、收益权等。这可以避免未来可能出现的纠纷。

进行专业评估

在以软件著作权入股时，应聘请专业的评估公司对软件著作权进行价值评估，并出具资产评估报告。这有助于确定软件的价值，并为公司增资、融资等提供依据。

修改公司章程

根据股东协议的内容，修改或补充公司章程，明确软件著作权入股后的相关事宜，如软件的使用、管理、收益分配等。

建立知识产权管理制度

建立完善的知识产权管理制度，包括软件知识产权的权利归属、软件人才的管理、软件技术的保密以及软件成果的有效利用等方面。通过制度化的管理，可以有效保护软件的知识产权。

注意法律合规

在整个过程中，确保所有操作符合相关法律法规，如公司法、著作权法等。这可以避免因法律合规问题而导致的产权纠纷。

通过以上步骤，可以在以软件入股的过程中有效保护产权，确保软件著作权人的合法权益得到保障。