卖设备附加软件时，应当 分别根据设备和软件服务费金额开具发票。设备部分按照16%的税率开具发票，软件服务部分按照6%的税率开具发票。这样做可以确保适用正确的税率，避免因税率错误而导致的税务风险。

具体操作建议如下：

分别开具发票：

将设备和软件部分分别开具发票，设备部分按照16%的税率，软件部分按照6%的税率。

合同明确：

在合同中明确设备和软件的部分，以及各自的金额，以便在开具发票时有明确的依据。

注意税收优惠：

如果软件部分可以享受即征即退优惠，可以在开具发票时注明，并在申报时只申报软件部分。

视同销售：

如果硬件部分需要视同销售处理，应当按照规定的程序进行，并在发票上注明硬件部分的金额。

建议与当地税务机关沟通，确保开票和申报流程符合相关法规，避免因操作不当而导致的税务问题。